Rinnovato dal pensiero tomistico, l'aristotelismo aveva costituito un sistema nel quale si era organizzata tutta la dogmatica cattolica. Ma l' Umanesimo ed il Rinascimento, antidogmatici per eccellenza, si manifestano antiaristotelici e più propensi a raccogliere l' animismo medioevale. In realtà, questi due movimenti di pensiero - che si inseriscono l'uno nell'altro - rifiutano il dogma cattolico, non però lo spirito religioso che continua ad informarli, spingendoli verso l'ideale di un sapere assoluto attraverso il quale allacciare per sempre il contingente all'eterno. Insomma, sia l'Umanesimo che il Rinascimento, nel preparare il passaggio dal Medioevo all'Età Moderna, si fanno promotori di una mistica scientifica, ovvero di una scienza essenziale che pone l'uomo al centro del mondo e gli consente di dominarlo, senza tuttavia rifiutare il trascendente che in esso si manifesta.
Inizialmente, l' Umanesimo si volse soprattutto alle filosofie prearistoteliche. Ad esempio, Lorenzo VALLA si riporta all'epicureismo. Marsilio FICINO cerca di stabilire un collegamento tra il cristianesimo ed il platonismo o il neoplatonismo Pico DELLA MIRANDOLA tenta un accostamento tra il Platonismo e la Cabala ebraica, scienza iniziatica degli antichi ebrei.
Ed ancora, Michele DE MONTAIGNE muove da una concezione scettica dell'umanità, nella quale non è possibile trovare leggi universali, ma soltanto una continua esperienza di vita : nulla è universalmente vero, ma lo è come fatto umano, mentre Niccolò MACHIAVELLI vede nell'uomo un fondamentale egoismo che lo spimge prima verso l'appagamento dei suoi istinti peggiori, poi verso la realizzazione dei più alti ideali.
Più articolatamente, Niccolò CUSANO sostiene una comprensione scientificamente mistica della natura : la sensazione ci dà una moltitudine di immagini; la ragione tende a sintetizzare i dati delle sensazioni; la intelligenza, che è una facoltà superiore, unifica le diverse sintesi, tra loro in opposizione, prodotte dalla ragione. Ma l'intelligenza non può conciliare tutte le opposizioni : a questo può giungere solo Dio che è sostanzialmente conciliazione di opposti.
Più nettamente rinascimentale è l'indagine di BERNARDINO TELESIO: egli oppone al metodo deduttivo aristotelico un metodo induttivo fondato soprattutto sul processo analogico : poichè la scienza non può conoscere i fenomeni nella totalità delle loro parti, al pensiero è affidato il compito di colmare le lacune lasciate dalla scienza; il pensiero riconosce le parti che la scienza non è riuscita a conoscere impiegando l'analogia con altri fenomeni. Due principi spiegano il mondo : la materia e l'energia che nella stessa materia è insita. Anche l'anima ed il pensiero sono il risultato di queste forze. Però, l'uomo non consiste solo in esse, poichè in lui v'è una forma aggiunta (la forma superaddita), cioè un'anima infusa direttamente da Dio. Sennonchè, i rapporti della forma aggiunta con il mondo sensibile per lo stesso pensatore sono inesplicabili.
Pietro POMPONAZZI divide in modo netto le verità razionali dalle verità di fede, anche se finisce per ritenere più affidabili quelle della ragione.
Per Giordano BRUNO l'universo infinito coincide con l'infinità di Dio. L'univero è un illimitato organismo animato, occupato
da Dio in ogni sua parte; ed il pensiero non può conoscerlo, perchè pensare significa limitare. Nella sua infinità l'universo è composto da entità individuali, piu o meno perfette, le monadi, ognuna delle quali riflette in sè il tutto. Il mondo è una monade; l'universo è costitutito da infiniti mondi; Dio è la monade somma che tutto comprende. Ne discende che nella monade del Bruno l'idea platonica e la forma aristotelica diventano essenza, unità di materia e spirito.
Tommaso CAMPANELLA si riallaccia al naturalismo di Telesio ed a Sant'Agostino. Come aveva teorizzato Telesio, la natura è
un complesso animato in cui materia e spirito si fondono in un'unica essenza, ma, come aveva teorizzato Sant'Agostino, vi è una perfetta corrispondenza tra natura e pensiero, sicchè conosciamo noi stessi attraverso il pensiero e nel conoscere noi stessi scopriamo nella nostra anima tre principi che richiamano il posse, nosse e velle agostiniani : la potenza, cioè la tendenza ad affermare la nostra vita; la ragione, cioè la tendenza a conoscere noi stessi ed il mondo; l'amore, cioè la tendenza ad espanderci verso gli altri e verso Dio.
Nel Seicento un estremo tentativo per fondare una scienza della natura intesa a cogliere il mondo dei fenomeni nella sua essenza viene fatto in Inghilterra da Francesco BACONE. Con mentalità perfettamente rinascimentale egli vede la natura come un essere animato contro cui l'uomo si volge come contro un suo simile per imporle la sua volontà e dominarla. E l'uomo è in grado di farlo perchè il sapere gli permette appunto di dominare se stesso, i propri simili e la natura; perchè, con la conoscenza completa della natura e dell'animo umano egli può risalire con il metodo induttivo dagli effetti alle cause; cause che non considera puramente meccaniche, bensì essenziali, in quanto natura intima del fenomeno. Dunque, anche Bacone, pensando all'essenza del fenomeno, ovvero alla sua realtà assoluta, tende ad una scienza metafisica.
Con mentalità più moderna, Galileo GALILEI afferma invece che la scienza non può conoscere la verità assoluta delle cose :
l'attività scientifica deve essere separata dalle altre forme di speculazione. Due sono le forme di conoscenza : quella secondo autorità, fondata sulle Scritture; quella secondo ragione, fondata sullo studio sperimentale e metodico della natura. La scrittura e la natura sono infatti i due termini con cui Dio si è rivelato : la scrittura ci fa coscere i fini delle cose, lo scopo ultimo cui tende l'uomo ed il mondo; la conoscenza razionale ci fa conoscere la causalità meccanica delle cose. Base della conoscenza razionale è la matematica.
Con Galileo Galilei lo studio della natura si distacca dall'indagine filosofica; e ciò non piace alla Chiesa che non può immaginare una verità fisica separata da quella metafisica.
